保稅貨物進境時，貨主或其代理人在入境地報關，向海關交驗進口貨物報關單一式三份，報關單右上角加蓋“保稅貨物”戳記，同時注明此批貨物系存入某保稅倉庫。貨物的運單、發票、裝箱單等。異地口岸報關時，應另交驗主管海關核發的《保稅倉庫證書》或制作的關封。經海關驗放后，將報關單二份退報關人隨貨帶交保稅倉庫，倉庫經理人應于貨物入庫后即在報關單上簽收，并將一份退交備案登記的海關，另一份留存。 
要從備料保稅倉庫中提取貨料，貨主應事先持批準文件、合同等有關單證向海關辦理備案登記手續，并填寫來料、進料加工專用報關單和保稅倉庫領料核準單一式三份，一份由批準海關備存，一份由領料人留存，一份由海關簽蓋放行章后交貨主。倉庫經理人憑海關簽印的領料核準單交付有關貨物并憑以向海關辦理核銷手續。
保稅倉庫進口庫內作業使用的物品，如貨架、辦公用品、管理用具、運輸車輛、搬動或起重、包裝設備以及改裝用的機器等，不論是價購的或者是外商無償提供的，都要照章繳納關稅和產品（增值）稅。
保稅倉庫所存保稅貨物經海關核準轉為進入國內市場銷售時，由貨主或其代理人向海關遞交進口貨物許可證、進口貨物報關單以及海關需要的其他單證并按章交納關稅和產品（增值）稅或工商統一稅后，由海關簽章放行，將原進口貨物報關單注銷。
保稅貨物復運時，貨主或其代理人應填寫出口貨物報關單，一式三份并交驗進口時由海關簽章的報關單，向當地海關辦理復運出口手續，海關核查后在報關單上簽章，一份留存，一份發還，一份隨貨帶交出境地海關憑以放行貨物出境。
保稅倉庫所存貨物儲存期為一年，如有特殊情況，可以向海關申請延長，但延期最長不得超過一年。
保稅工廠進口料、件和出口成品時，由經營人或其代理人填寫專用進出口貨物報關單一式四份，并在右上角加蓋保稅工廠貨物戳記，隨附有關單證和業料（進料）加工手冊，向進出境地海關申報。經海關審核后，將其中一份寄送主管海關，另一份由海關簽章后，退回申報人交保稅工廠留存備查。保稅工廠在失去海關嚴密監管條件或發生違反海關規定的行為時，海關將吊銷其保稅工廠證書，并對其違規行為按海關法進行處理。
保稅貨物在存放期間如發生殘損、變質或原物自然消失，已不能復出口或出售時，經營單位應及時向主管海關報告，井填制保稅貨物殘損清單，經海關核實并派員現場監管銷毀后，保稅倉庫憑有關海關單證入帳沖銷，如因殘不能復出口轉在國內銷售時，經營單位須向主管海關申請批準，經海關查驗核準后可適當減征稅款。
保稅貨物在保稅倉庫有效期發生短少，除由于不可抗力的原因者外，其短少部分應當由保稅倉庫經理人承擔交納稅款的責任，并由海關按有關規定進行處理。

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