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分子對接是將已知三維結構數據庫中的分子逐一放在靶標分子的活性位點處。通過不斷優化受體化合物的位置、構象、分子內部可旋轉鍵的二面角和受體的氨基酸殘基側鏈和骨架， 尋找受體小分子化合物與靶標大分子作用的最佳構象， 并預測其結合模式、親和力和通過打分函數挑選出接近天然構象的與受體親和力最佳的配體的一種理論模擬分子間作用的方法。

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